В «Локомотиве» Алиев будет выступать под руководством бывшего тренера «Динамо» Юрия Семина.
Ряды «Динамо» 15-летний Алиев пополнил в 2000 году, поступив в Академическую группу, в которой тренер Павел Яковенко собрал самых одаренных молодых игроков из стран бывшего СССР. Спустя два года наставник первой команды «Динамо» Алексей Михайличенко взял Александра на сбор, после чего задействовал в нескольких официальных матчах. Алиев вошел в историю, являясь на сегодняшний день самым молодым игроком, защищавшим цвета «Динамо» в чемпионате Украины. Однако карьера полузащитника в первой команде не заладилась. Йожеф Сабо и Анатолий Демьяненко отдавали предпочтение другим футболистам, отправляя Александра выступать за дублирующий состав или «Динамо-2». Ситуация изменилась с приходом в «Динамо» Юрия Семина, полтора года выступлений под руководством которого стали для Алиева лучшими в карьере. В этот же период динамовец получил приглашение в национальную сборную Украины.